多效蒸发过程中可能出现的问题，尤是当处理被施加到食品行业。多效蒸发结晶器的稀溶液的粘度和一致性的差异敏锐。它的工作效率较低，因为流通的损失，可能需要改变。污垢时，也会发生在设备中的加热介质的表面上形成的硬沉淀。

在食品中，蛋白质和多糖可以创建这样的存款，减低传热效率。发泡处理多余的泡沫，也可以创建一个问题，因为可能是较贵的，在时间和效率。消泡剂是被使用，但只有少数的食物时，可以使用正在处理。也可能发生在酸性溶液中，如柑橘类的果汁都集中腐蚀。表面造成损伤，可以缩短对蒸发器的长寿命。

在 多效蒸发结晶器蒸发过程中也会受到影响质量和风味食品。总体而言，品质的产品解决方案时，选择一个设备，须考虑到其代价。